生態型廁所的核心思想就是使水資源和廢．棄物以循環的方式運行，以安全、經濟、可靠的方式完成這一個閉合的循環，以達到節約資源、廢物利用。

在使用和運行的過程中以不產生對環境有害物質為目的。實際上，沖洗廁所的水并非必一定是凈水的，完全可以使用那些達標的回用水來進行沖洗。

以大量的水沖洗少量的糞便，對糞便的收集、處理都會帶來諸多的不便，也增加了運輸的過程中的能源的消耗。

糞便污水中含有供微生物生長的幾乎全部的營養的物質，可生化性好，且不含專項毒性的物質，如果處理的得當的話，是可以作為回用水源的。

微生物的循環水型的生態廁所在第一次使用時添加一定量的水，在以后的使用的過程中僅需要定期補充或調換少量的凈水，利用循環水進行沖洗，與普通的水沖廁所相比具有明顯節水效果。

干式微生物堆肥型生態廁所在使用過程中糞便直接進人處理裝置因此免水沖洗。